短梗貍藻的花序為總狀花序,直立,長5至44厘米,花位于中部以上,疏生或密生共1至15朵,無毛被。花序軸絲狀,直徑0.3至1.2毫米,具1至12枚鱗片。苞片與鱗片同形,中部著生,呈狹長圓狀披針形或倒披針形,頂端漸尖,基部漸尖、急尖或鈍尖,長2至3毫米。小苞片為狹長圓狀披針形或線狀披針形,長1至2毫米。
花梗絲狀,長2至3毫米,頂端圓,下唇短,為橫橢圓形或圓形;花梗于花期直立,果期展開或反折?;ㄝ?裂至基部,裂片不等,密生細(xì)小乳突,無毛;上唇為卵狀長圓形,長2至3毫米,頂端圓形;下唇短,呈橫橢圓形或圓形。花冠為紫色、藍(lán)色、粉紅色或白色,喉部常有黃斑,長4至10毫米;上唇為狹卵狀長圓形,頂端為圓形或截形,長于上萼片;下唇近圓形,頂端微凹或全緣,喉隆起;距為狹圓錐狀或近筒狀,基部為寬圓錐狀,彎曲或直,通常長于下唇并與其平行或成鈍角。雄蕊2枚,無毛;花絲線狀,長1毫米;藥室匯合,具細(xì)小乳突。雌蕊無毛;子房球形,上位,1室,特立中央胎座;花柱短;柱頭下唇為圓形,上唇極小,為正三角形?;ㄆ跒?月至次年春。